Для получения хороших результатов важно иметь возможность 
контролировать эффективность БИПАП- и СИПАП-терапии в домашних условиях. Дело в том, что непосредственно само лечение происходит во время сна, поэтому пациенту иногда тяжело оценить его успешность самостоятельно. Кроме того, бывают случаи, когда больные даже с тяжелой степенью апноэ и выраженной гипоксемией не предъявляют никаких жалоб на самочувствие и нарушения дыхания во сне. Поэтому важны повторные консультации сомнолога. Они помогают легче пройти период адаптации к БИПАП- и СИПАП-терапии, отследить ее эффективность, и проводятся через 2 недели, 3 месяца и, в последующем, каждые полгода после начала лечения.
Если применяя СИПАП-аппарат, больной отмечает дневную сонливость и различные клинические проявления синдрома обструктивного апноэ сна, а по данным счетчика выявляется недостаточная длительность лечения на протяжении ночи (менее 4х часов за ночь), то тогда задача врача выявить все негативные моменты, мешающие проведению терапии, и тем самым повысить приемлемость ее для пациента.
При наличии симптомов, но достаточной продолжительности лечения по данным счетчика, следует провести контрольную полисомнографию. Это поможет оценить правильность выбора режима БИПАП- и СИПАП-терапии и подкорректировать его.
Для контроля лечения в условиях дома многие СИПАП аппараты имеют блок памяти, на который записываются все параметры лечения, такие как продолжительность и частота применения аппарата, уровни давления, наличие утечки и эпизоды нарушения дыхания. В последующем эти данные можно считать с устройства и проанализировать на компьютере при помощи специального программного обеспечения. Современные аппараты способны сохранять сведения о проведенном лечении апноэ за последние 365 дней.
Благодаря всестороннему анализу полученных данных врач может уточнить причину ухудшения состояния или неэффективности терапии. В таком случае анализ проводится без дополнительной контрольной полисомнографии, что позволяет экономить средства пациента.
Современные аппараты для проведения БИПАП- и СИПАП терапии дают возможность оценить индекс апноэ/гипопноэ за определенные периоды лечения. При достаточной эффективности терапии этот параметр должен быть ниже 5. Пациент может самостоятельно отслеживать данный показатель в домашних условиях. Однако, если индекс апноэ/гипопноэ превышает нормальный уровень в течение недели и более, то тогда необходимо обратиться к врачу.
Аппараты для БИПАП- и СИПАП терапии могут выводить на дисплей уровни средней и максимальной утечки воздуха из-под маски. Если эти уровни находятся выше предельно допустимых значений, то тогда следует подкорректировать регулировку маски и ее фиксаторов. Если утечка появилась после длительного использования маски, то тогда ее рекомендуется заменить.
Некоторые аппараты для БИПАП- и СИПАП терапии имеют флеш-карту, с помощью которой пациент самостоятельно может переслать данные лечения сомнологу через интернет. Это помогает более эффективно контролировать успешность БИПАП- и СИПАП терапии в домашних условиях. Обычно для этого пациент 4 раза в течение года сбрасывает сведения о работе аппарата с флеш-карты на компьютер и посылает на e-mail своего сомнологического центра. Лечащий врач проводит анализ полученных данных и вносит коррективы в настройки аппарата в случае необходимости. Файлы пересылаются обратно пациенту через интернет, после чего он переносит их на флеш-карту и, соответственно, на свой СИПАП аппарат. Подобная дистанционная консультативная помощь помогает пациентам контролировать лечение в домашних условиях и не тратить время на визиты к доктору.